*run -log commandを実行すると標準出力がログ窓に出力されますが
改行が付加されていないようで、既に出力されているログ文字の
後ろに追加されてしまいます。

例えば、ログ窓の表示状態が以下だとします。
Delete hoge.txt
Copy fuga.txt

この状態で *run -log commandを実行すると下記になります。
Delete hoge.txt
Copy fuga.txt[標準出力された文字]

ご確認のほどよろしくお願いいたします。
Windows 10
Paper Plane cUI Version 1.97

*run -log は始めに改行を入れていないので、
それまでのログの最後に改行がないと、指摘の通りになります。

ただ、例示された例ではこちらでは改行されているので、
続けた状態にはなりませんでした。
一度見直してみます。

また、応急の対策として、*logwindow "" %: *run -log ... とすれば
必要に応じて予め改行して続けて表示されないようになります。

*logwindow "" %: *run -log ... を試したところ、ファイル操作などによる
デフォルトのメッセージの後であれば改行されました。
ただ、連続して *logwindow ... を実行すると改行無しで連結されてしまいました。
環境による違いもありそうなので、別環境でも試してみます。

まだ他環境では確認できていませんが、そもそもが標準エラー出力を
ロギングしようとしたのが悪かったのかもしれません。
今回、試したのは以下の通りです。

%Os *string o,str=%*input(-title:"zoxide query" -mode:e) %: *run -log -launch -hide -noppb zoxide query %so'str' | nkf -xWs | xargs -0 %0\ppcw.exe -r

「*logwindow ""」については *logwindow "" を実行する時点で
未改行の時は改行する動作なので、連続実行しても改行がその分
増えるわけではありません。

また、*run -log は提示された例ですと最終的に画面に表示
される内容のロギングになるので(現状では内部で cmd.exe を
使っている)、確かに意図した内容と違う結果になりそうです。