現在黒背景に白文字のダークテーマ風色設定で使っているのですが
エントリハイライトさせたときも文字が白なので、
ハイライトの設定は色背景に白文字でも見やすいように
別途考えています。

ところが、他の配色紹介サイトから色を流用する場合
github.com/morhetz/gruvbox
cocopon.me/blog/2016/02/iceberg/

・ダークテーマは黒と合わせやすい比較的淡色系の色
・ライトテーマは白と合わせやすい比較的濃色系の色

でまとまっており、できれば色使いを淡色系 or 濃色系どちらかで
まとめたいと思っています。

背景に色がつく場合、文字色を黒または指定色にするには
どのようにすればいいでしょうか？

よろしくお願いします。

エントリのハイライトの色は、確かに調整不足なところがあります。
ダークモードで常時使うということでしたら、色のカスタマイズで
ハイライトの色を調整してみてください。
種類名は、PPc エントリ背景/状態 になります。