カスタマイズ画面を開くと、デスクトップ右下に表示される（ことがある）ため、こちらもAIに聞いてみましたら、次の情報でした
↓
保存位置の取得判定が逆になっているように見えます。
if ( NO_ERROR != GetCustTable(T("_WinPos"), PPcustRegID,
&WinPos, sizeof(WinPos)) ){
SetWindowPos(hPropWnd, NULL,
WinPos.pos.left, WinPos.pos.top, ...);
}

AIの指摘が的外れでなければ、ご対応いただければと思います
なお、当方今は別のツールで強制的に表示位置を移動させているため、特に困っている訳ではないです