PPx 1.41 を一体化状態で使用しています。
「ツリーを共用にする」のチェックを外しているのですが、
別のタブを表示させても、ツリーの表示が変わりません。
さらにその状態からフォルダを移動すると、前のタブのツリー表示の上に、
現在のタブのフォルダの一部だけ上書きして表示しているような状態になります。
Ver1.39までは問題ありませんでしたが、1.40以降この現象が発生しています。
ご確認いただけると幸いです。

再現しました。タブの切り替え時にツリーの表示が
更新されなくなっていますね。修正します。

PPx 1.41+1 で修正されていることを確認しました。
ご対応ありがとうございました。