Paper Plane cUI Version 1.50+1(Aug 6 2016,Win64,UNICODE)
ですが、
Windows 10 Anniversary Update
を当てた直後から、メニューバーを表示させた状態で、「ALT」を押してメニューにアクセスすると、応答しなくなるようになりました。
強制終了するしかなくなります。
私だけの現象なのかはわかっておりませんが、ご報告しておきます。

X_alt の設定にかかわらず、Win10 1607 上で該当症状の再現はできません
でした。もし、「ALTキーのみでメニューにしない」が有効であれば無効に
して（X_alt = 0）、確認してみてください。

また、キーカスタマイズソフトやホットキーを取り扱うソフト等があれば
そのソフトを使用しない状態で確認してみてください。

ありがとうございます。
X_alt = 0 の状態では発生しないようです。
ホットキーを取り扱うソフト等など色々オフにしましたが、改善されません。
メニューがアクティブになった瞬間の出来事に思えます。

関係あるかどうかわかりませんが、アニバーサリーアップデート以後に、秀丸エディタで「Alt+Space」や「Alt+Tab」でハングするようになったという報告がありまして、それと同じ状況です。

もう少しやってみます。

X_alt = 0 では問題ないということですね。
X_alt = 1 のときだけ、Alt キーが押されたという情報を無効にすると
いう処理をしているので、Alt キーを押した／離したを監視するソフトが、
状態の不整合を起こしてキー入力を止めてしまっている雰囲気です。

こちらの環境では問題が起こっておらず、これ以上の確認ができないため、
最悪 X_alt = 0 で使用してください。

2台のマシンで再現できました。

画面構成は以下です。
・一体化（マルチペイン/2画面/タブ表示）
・2画面左右
・ペイン別タブ　項目独立

この状態でペインが1つであった時からもう1つペインを増やして2画面にした直後にAltキーでメニューにアクセスすると、ハングアップします。

条件の絞り込みありがとうございます。こちらでも再現できました。

Windows10 RS1 で一体化を行っているとき、２枚目以降の窓から
メニューバーをアクティブにしようとすると、Windows内でメニュー
バー動作の問題が発生して、PPcの他、タスクバー等の操作ができなく
なることが分かりました。

カスタマイザ - 全般 - PPc の「 (障害対策)特定の窓で異常がある
ときに設定する」を有効にすると、この問題に対処することができ
ますので設定してください。

また、次の版ではこの設定が自動で有効となるようにしておきます。

ありがとうございます。
その設定で回避できました。