PPx 1.63+1、x64版を使っています。
メニューバーで右クリックをすると
PPXのウィンドウが下がっていくのですが、
これは仕様でしょうか？

確かにおかしいですね。

本来は、メニューバー右クリックでもメニューが表示できるように
してあるのですが、ミスでAlt+↓の動作(ウィンドウを下に移動)に
なってしまっています。

修正する予定ですが、この動作は初期カスタマイズの設定なので、
カスタマイザの「マウス割当て」タグ、PPcのR_MENUの割当てを
削除することでも回避できます。