長年使わせていただいき感謝しております。
一体化で使用していて問題がある挙動が得られたのでご報告です。

(1)複数の一体化窓でファイルコピーを同時に実行すると後から実行した一体化窓がフリーズする
いつのversionからそうなったかは定かではないのですが少なくとも一年以上前から発生してたと思います

(2)X_combosのB24=1(一体化時F11で新規一体化窓を開く)の設定で、F11を実行すると新規一体化窓が開かずクラッシュする
version 1.64で発生し、1.63では発生しませんでした

(1)については再現できませんでした。もう少し詳細を教えてください。
[1]コピー方法は、D&D / PPx独自コピー / Explorer互換コピー の
どれを使っていますか？
[2]D&D / PPx独自コピー の場合、ファイル操作ダイアログが表示された
ときにフリーズしますか？それともコピー開始してからフリーズ
しますか？
　　
　また、カスタマイザ-全般-ファイル操作コマンドの
　コピーや展開の並行実行の設定が、どれになっているかと、
　変更したら挙動が変化するかを確認してもらえませんか。

(2)については、こちらでも再現できました。次版で修正します。