ppcw.exe /alone で起動したところ、IDが[Zba]と[Zbb]となりましたがこういう仕様になったのでしょうか？

ちなみに、さらに上記で起動したときのIDは[Zca]と[Zcb]でした。

どのコマンドでも Zxx 形式のIDが使えるようになったため、
できるだけいつ起動しても同じIDが割り当てられるように
-alone 指定時や -combo:x 指定時は、Zxx 形式を使うように
変更しました。

ヘルプへの記載が漏れていましたが、-combo と -alone は次のように
起動時の割当て方を変えるようにしています。

-alone
・一体化窓のIDを指定していないと、未使用のIDを割り振る
・前回起動時のタブ配置の再現をしない（以前から）
・一体化窓のIDにかかわらず、Zxx形式を使用する

-combo
・一体化窓のIDを指定していないと、Aを使用
・一体化窓のIDがB以降でも、タブ配置の再現をする
・一体化窓のIDがB以降は、Zxx形式を使用する

> どのコマンドでも Zxx 形式のIDが使えるようになったため、
> できるだけいつ起動しても同じIDが割り当てられるように
> -alone 指定時や -combo:x 指定時は、Zxx 形式を使うように
> 変更しました。
仕様変更だったんですね、了解です。