listfile内のディレクトリに入れなくなってるようです。

指定されたパスが見つかりません。(3)

と表示されます。
64bit版の1.73+4で確認しました。

listfile内で「階層表示」が有効になっているとき、
表示されているディレクトリにEnterで移動できるかどうかでしょうか。

*where で検索→[;]で「階層表示」を有効→ディレクトリにEnterで移動
の操作で確認しましたが、特に異常は見つかりませんでした。
再現条件を教えてもらえませんか。
また、Enterのキー割当てにディレクトリ移動を妨げる設定が
ないかを確認してみてください。
※listfileや書庫内のディレクトリ移動は%jとかは使えなかったはずです。

*makelistfileでlistile.txtを作成→Enterでlistfile.txtに入る→ディレクトリにEnterで移動
です。
*makelistfileでlistile.txtを作成→Enterでlistfile.txtに入る→[;]で「階層表示」を有効→ディレクトリにEnterで移動
だとディレクトリに入ることはできましたが、その中にあるディレクトリやファイルが表示されませんでした。

173+4の64bit版で初期化して試しました。

確認してみたところ、もとからこの動作ですね。

ListFile内のディレクトリ移動は、ListFile内に記載された
ディレクトリ内のエントリを表示する仕様なので、
*makelistfileで出力されるディレクトリに移動しても
ディレクトリ内のエントリがないので該当症状になります。
ディレクトリを選んだときは、そのディレクトリに移動することが
できるようにした方が良いかもしれませんね。

もとからそうだったんですね。
できれば移動できるようになると助かります。