iftwebp は、透過画像をそのまま出力するため、Plugin の利用側が透過処理をする必要があります。透過処理をしないと、本来なら見えない色が見えます。Plugin の利用側に透過処理がない場合は、iftwic を使い、iftwic の透過画像を加工する設定を有効にしてください。